Biology Medicine and Bioinformatics Rust ★ 529

genomoncology/biomcp

Biyomedikal araştırma için PubMed, ClinicalTrials.gov ve MyVariant.info verilerine erişim sağlayan MCP server.

Claude Desktop config.json'a ekle

{
  "mcpServers": {
    "genomoncology-biomcp": {
      "command": "node",
      "args": [
        "~/.mcp/biomcp/index.js"
      ]
    }
  }
}

Bu MCP sunucusu hakkında

BioMCP

Bir binary. Bir gramer. Zaten güvendiğiniz biyomedikal kaynaklardan kanıt.

Açıklama

BioMCP, usual biyomedikal veri karışıklığını ortadan kaldırır: bir sorgu, normalde farklı API'ler, tanımlayıcılar ve arama alışkanlıklarının arkasında yaşayan kaynaklara ulaşır. Araştırmacılar, klinisyenler ve ajanlar, her kaynak için iş akışını yeniden oluşturmadan arama, odaklama ve pivot yapmak için aynı komut dilbilgisini kullanır. Canlı genel veriler artı yerel çalışma analitiğinin tamamında kompakt, kanıta yönelik sonuçlar elde edersiniz.

Özellikler

  • Literatürde arama yapın: search article PubTator3 ve Europe PMC'de yayılır, PMID/PMCID/DOI tanımlayıcılarını kaldırır ve filtreleriniz desteklediğinde Semantic Scholar ayağı ekleyebilir.
  • Yeniden çalışmadan pivot yapın: bir gen, varyant, ilaç, hastalık, yol, protein veya makaleden filtreleri elle yeniden oluşturmak yerine bir sonraki yerleşik görünüme doğru hareket edin.
  • Bir oyun defteri seçin: biomcp suggest "<question>" biyomedikal bir soruyu sevk edilen bir çalışılmış örneğe ve iki başlangıç komutuna yönlendirir.
  • Çalışmaları yerel olarak analiz edin: study komutları, indirilen cBioPortal tarzı veri setleri için yerel sorgu, kohort, hayatta kalma, karşılaştırma ve birlikte oluşum iş akışlarını, yerel terminal, SVG ve PNG grafikleriyle kapsar.
  • Kağıt izini takip edin: article citations, article references, article recommendations ve article entities bir bilinen makaleden daha geniş bir kanıt haritasına dönüşür.
  • Zenginleştirin ve toplu işle: biomcp enrich için en üst düzey g:Profiler zenginleştirmesi ve biomcp batch için bir komutta 10'a kadar odaklanmış get çağrısı kullanın.

Kurulum

Binary kurulumu

curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash

PyPI araç kurulumu

uv tool install biomcp-cli
# veya: pip install biomcp-cli

Bu, biomcp binary'sini PATH'ınıza kurar.

Claude Desktop uzantısı (.mcpb)

Ortamınız için bu yol kullanılabilir olduğunda Claude Desktop'taki Anthropic Directory'den BioMCP'yi kurun. Yerel/manuel kurulumlar için, aşağıdaki JSON MCP yapılandırmasını kullanın.

Beceri yükleme

Ajan dizininize kılavuzlu araştırma iş akışlarını kurun:

biomcp skill install ~/.claude --force

MCP istemcileri

{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "biomcp",
      "args": ["serve"]
    }
  }
}

Uzak HTTP sunucusu

Paylaşılan veya uzak dağıtımlar için:

biomcp serve-http --host 127.0.0.1 --port 8080

Uzak istemciler http://127.0.0.1:8080/mcp adresine bağlanır. Probe rotaları GET /health, GET /readyz ve GET / dir.

Çalıştırılabilir demo:

uv run --script examples/streamable-http/streamable_http_client.py

Yeni başlayanlar için kılavuz için Uzak HTTP Sunucusu bölümüne bakın.

Kaynaktan

make install
"$HOME/.local/bin/biomcp" --version

Repo-yerel doğrulama için, make check artık release-kritik Python/docs kontratı şeritini (make test-contracts) içerir ve make release-gate, tam rutin release-readiness komutudur (make check artı belirleyici make spec-contracts). make release-live-smoke yalnızca opt-in canlı public-upstream güveni için kullanın.

Hızlı başlangıç

30 saniye altında ilk faydalı sorgu:

uv tool install biomcp-cli
biomcp health --apis-only
biomcp suggest "What drugs treat melanoma?"
biomcp list gene
biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma  # unified cross-entity discovery
biomcp get gene BRAF pathways hpa

Komut dilbilgisi

search <entity> [filters]    → discovery
suggest <question>           → playbook routing for how-to questions
discover <query>             → concept resolution before entity selection
get <entity> <id> [sections] → focused detail
<entity> <helper> <id>       → cross-entity pivots
enrich <GENE1,GENE2,...>     → gene-set enrichment
batch <entity> <id1,id2,...> → parallel gets
search all [slot filters]    → counts-first cross-entity orientation

Varlıklar ve kaynaklar

Aşağıdaki 13 satırlı tablo, genel varlık yüzeyidir; bireysel satırlar canlı API'ler, yerel runtime verisi veya hibrit kaynak kaplamalarını kullanabilir.

Varlık BioMCP tarafından kullanılan Upstream sağlayıcılar Örnek
gene MyGene.info, UniProt, Reactome, QuickGO, STRING, GTEx, Human Protein Atlas, DGIdb, ClinGen, NIH Reporter, DisGeNET, GTR-backed diagnostics pivot biomcp get gene BRAF pathways hpa
variant MyVariant.info, ClinVar, gnomAD fields via MyVariant, CIViC, Cancer Genome Interpreter, OncoKB, cBioPortal, GWAS Catalog, AlphaGenome biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar
article PubMed, PubTator3, Europe PMC, PMC OA, NCBI ID Converter, Semantic Scholar (optional auth; S2_API_KEY recommended) biomcp search article -g BRAF --limit 5
trial ClinicalTrials.gov API v2, NCI CTS API biomcp search trial -c melanoma -s recruiting
diagnostic NCBI Genetic Testing Registry local bulk bundle + WHO IVD local CSV + optional OpenFDA device overlay biomcp get diagnostic GTR000006692.3 regulatory
drug MyChem.info, DDInter local bundle, EMA local batch, WHO Prequalification local exports, ChEMBL, OpenTargets, Drugs@FDA, OpenFDA labels/shortages/approvals/FAERS/MAUDE/recalls, CIViC biomcp drug interactions warfarin
disease MyDisease.info, Monarch Initiative, MONDO, OpenTargets, Reactome, CIViC, SEER Explorer, NIH Reporter, DisGeNET, MedlinePlus clinical_features, GTR/WHO IVD diagnostics pivot biomcp get disease "Lynch syndrome" genes
pathway Reactome, KEGG, WikiPathways, g:Profiler, Enrichr-backed enrichment sections biomcp get pathway hsa05200 genes
protein UniProt, InterPro, STRING, ComplexPortal, PDB, AlphaFold biomcp get protein P15056 complexes
adverse-event OpenFDA FAERS/MAUDE/recalls plus CDC WONDER VAERS aggregate vaccine search biomcp search adverse-event --drug pembrolizumab
pgx CPIC, PharmGKB biomcp get pgx CYP2D6 recommendations
gwas GWAS Catalog biomcp search gwas --trait "type 2 diabetes"
phenotype Monarch Initiative (HPO semantic similarity) biomcp search phenotype "HP:0001250"

Cross-entity yardımcılar

Filtreleri yeniden oluşturmadan ilgili varlıklar arasında pivot yapın.

Bir yardımcı ile bir taze arama kullanma zamanı için cross-entity pivot kılavuzuna bakın.

biomcp variant trials "BRAF V600E" --limit 5
biomcp variant articles "BRAF V600E"
biomcp drug adverse-events pembrolizumab
biomcp drug trials pembrolizumab
biomcp disease trials melanoma
biomcp disease drugs melanoma
biomcp disease articles "Lynch syndrome"
biomcp gene trials BRAF
biomcp gene drugs BRAF
biomcp gene articles BRCA1
biomcp gene pathways BRAF
biomcp pathway drugs R-HSA-5673001
biomcp pathway drugs hsa05200
biomcp pathway articles R-HSA-5673001
biomcp pathway trials R-HSA-5673001
biomcp protein structures P15056
biomcp article entities 22663011
biomcp article citations 22663011 --limit 3
biomcp article references 22663011 --limit 3
biomcp article recommendations 22663011 --limit 3

Gen-seti zenginleştirme

biomcp enrich BRAF,KRAS,NRAS --limit 10

En üst düzey biomcp enrich g:Profiler kullanır. Diğer varlık görünümleri içindeki gen zenginleştirme bölümleri, bu destekli kaynak olduğunda hala Enrichr'ye başvurur.

Bölümler ve aşamalı ifşa

Her get komutu odaklanmış çıktı için seçilebilir bölümleri destekler:

biomcp get gene BRAF                    # summary card
biomcp get gene BRAF pathways           # add pathway section
biomcp get gene BRCA1 diagnostics       # diagnostic-test pivot from GTR
biomcp get gene BRAF hpa                # protein tissue expression + localization
biomcp get gene BRAF civic interactions # multiple sections
biomcp get gene BRAF all                # standard sections; diagnostics/funding stay opt-in

biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar population conservation
biomcp get article 22663011 tldr
biomcp get drug pembrolizumab label targets civic approvals
biomcp get drug trastuzumab regulatory --region who
biomcp get disease "Lynch syndrome" genes phenotypes variants
biomcp get disease tuberculosis diagnostics
biomcp get diagnostic GTR000006692.3 regulatory
biomcp get trial NCT02576665 eligibility locations outcomes

JSON modunda, get yanıtları bir sonraki olası takip adımları için _meta.next_commands ve bölüm düzeyinde soy bilgisi için _meta.section_sources ortaya koymaktadır. batch ... --json, aynı metadata şekliyle per-varlık nesneleri döndürür.

API anahtarları

Çoğu komut kimlik bilgileri olmadan çalışır. İsteğe bağlı anahtarlar oran limitlerini iyileştirir veya isteğe bağlı zenginleştirmeleri kilit açar:

export NCBI_API_KEY="..."        # PubTator, PubMed/efetch, PMC OA, NCBI ID converter
export S2_API_KEY="..."          # Optional Semantic Scholar auth; dedicated quota at 1 req/sec
export OPENFDA_API_KEY="..."     # OpenFDA rate limits
export NCI_API_KEY="..."         # NCI CTS trial search (--source nci)
export ONCOKB_TOKEN="..."        # OncoKB variant helper
export ALPHAGENOME_API_KEY="..." # AlphaGenome variant effect prediction

search article, get article, article batch, get article ... tldr ve açık Semantic Scholar yardımcılarının tümü S2_API_KEY olmadan çalışır. Anahtarla, BioMCP kimlik doğrulamalı istekler gönderir ve 1 req/sn'de bir özel oran sınırı kullanır. Olmadan, BioMCP 1 req/2sn'de paylaşılan kimlik doğrulamasız havuzu kullanır. search article --source all, pubtator, europepmc ve pubmed destekler. Varsayılan uyumlu makale federasyonu PubTator3, Europe PMC ve PubMed kullanırken, S2 bacağı doğrudan seçilebilir yerine otomatik kalır. Yayıncı elision nedeniyle Semantic Scholar upstream kapsamında paywalled makaleler için başvurular ve öneriler boş olabilir.

Yapılandırma

Claude Desktop uzantısı ayarları

Dizin paketi yalnızca ilk gözden geçiren yüzü inşa için gerekli isteğe bağlı ayarları ortaya koymaktadır:

Claude Desktop alanı Runtime env var Amaç
OncoKB Token ONCOKB_TOKEN biomcp variant oncokb "<gene> <variant>" terapisi ve düzey kanıtını etkinleştirir
DisGeNET API Anahtarı DISGENET_API_KEY Gen ve hastalık araştırmalarında puanlanan DisGeNET bölümlerini etkinleştirir
Semantic Scholar API Anahtarı S2_API_KEY Makale TLDR, alıntı, başvuru ve tavsiye yardımcıları için güvenilirliği iyileştirir

İlk dizin inşası yalnızca bu üç isteğe bağlı ayarı ortaya koymaktadır. Gelişmiş CLI-yalnızca env vars, API Anahtarları adresinde genel BioMCP CLI yolu için belgelenir.

Kullanım Örnekleri

Genel cross-entity genel bakış

Kullanıcı istemi: Bana melanomada BRAF'ın düşük gürültülü bir genel bakışını ver.

Beklenen araç çağrısı: biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma --counts-only

Beklenen davranış: Uzun detay tablolarını dökmek yerine bir sonraki komutu yönlendiren cross-entity sayıları özeti döndürür.

Beklenen çıktı: En yüksek verimi sağlayan varlık takip adımları için ölçüyle ilk başlayana geri bildirim ve önerilen sonraki komutlar.

Genel varyant kanıtı

Kullanıcı istemi: BRAF V600E için ClinVar anlamlılığını ve popülasyon sıklığını özetleyin.

Beklenen araç çağrısı: biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar population

Beklenen davranış: Odaklanmış varyant kartını, ClinVar bölümünü ve popülasyon-frekans verilerini bir salt okunur çağrıda alır.

Beklenen çıktı: Varyant özeti, ClinVar anlamlılık ayrıntıları ve gnomAD popülasyon frekansları.

Kimlik doğrulamalı OncoKB örneği

Kullanıcı istemi: BRAF V600E için OncoKB terapisi kanıtını gösterin.

Beklenen araç çağrısı: biomcp variant oncokb "BRAF V600E"

Beklenen davranış: Yapılandırıldığında ONCOKB_TOKEN kullanır ve aksi takdirde eksik kimlik bilgisi hakkında yardımcı rehberlik döndürür.

Beklenen çıktı: ONCOKB_TOKEN ayarlandığında terapisi ve düzey kanıtı veya ayarlanmadığında açık bir kurulum ipucu.

Kimlik doğrulamalı DisGeNET örneği

Kullanıcı istemi: TP53 için puanlanan DisGeNET ilişkilerini gösterin.

Beklenen araç çağrısı: biomcp get gene TP53 disgenet

Beklenen davranış: Puanlanan gen-hastalık ilişki bölümünü almak için DISGENET_API_KEY kullanır.

Beklenen çıktı: DISGENET_API_KEY yapılandırıldığında kanıt sayıları ve puanlarla sıralanmış hastalık-ilişki tablosu.

Gizlilik Politikası

BioMCP telemetri, analitiği veya uzak günlük yüklemesini eklemez. https://biomcp.org/policies/ adresinde tam gizlilik bildirisini gözden geçirin.

Multi-worker dağıtımı

BioMCP oran sınırı işlem-yereldir. Birçok eşzamanlı çalışan için, bir paylaşılan Streamable HTTP biomcp serve-http uç noktasını çalıştırın, böylece tüm çalışanlar tek bir sınırlayıcı bütçeyi paylaşır:

biomcp serve-http --host 0.0.0.0 --port 8080

Uzak istemciler http://<host>:8080/mcp adresine bağlanmalıdır. Hafif işlem sondaları GET /health, GET /readyz ve GET / adreslerinde mevcuttur.

Beceriler

BioMCP, gezinilebilir bir binary-içi katalog yerine bir gömülü ajan kılavuzu sevk eder. Doğru çalışılmış örneğe ihtiyacınız olduğunda biomcp suggest "<question>" kullanın, ardından yerel iş akışı referans kopyalarına istediğinizde gömülü BioMCP kılavuzunu okuması veya ajan dizininize yüklemesi için biomcp skill kullanın:

biomcp suggest "Is variant rs113488022 pathogenic in melanoma?"
biomcp skill
biomcp skill install ~/.claude --force

Desteklenen kurulum hedefleri, yüklenen dosyalar ve eski uyum notaları için Beceriler bölümüne bakın.

Yerel çalışma analitiği

study, indirilen cBioPortal tarzı veri setleri için BioMCP'nin yerel analiz ailesidir. Genel varlık yüzeyi API-destekli, yerel-runtime ve hibrit discovery/detail işler; study komutları, per-çalışma sorgusu, kohort, hayatta kalma, karşılaştırma veya birlikte oluşum iş akışlarına ihtiyaç duyduğunuzda yerel veri setler üzerinde çalışır.

Bir veri setini yerel çalışma köküne getirmek için study download kullanın. Tekrarlanabilir betikler ve demolar için açık bir veri seti konumu istediğinizde BIOMCP_STUDY_DIR ayarlayın; ayarlanmadığında, BioMCP varsayılan çalışma köküne geri döner.

export BIOMCP_STUDY_DIR="$HOME/.local/share/biomcp/studies"
biomcp study download msk_impact_2017
biomcp study query --study msk_impact_2017 --gene TP53 --type mutations --chart bar --theme dark --palette wong -o docs/blog/images/tp53-mutation-bar.svg

Tam study komut ailesi ve veri seti ön koşulları için CLI başvurusu bölümüne bakın.

Ops

biomcp version                            # show version and build info
biomcp health                             # inspect API connectivity plus local DDInter/EMA/cache readiness
biomcp update                             # self-update with release SHA256 checksum verification
biomcp update --check                     # check for updates without installing
biomcp update --allow-missing-checksum    # UNSAFE: install when a release checksum sidecar is missing
biomcp uninstall                          # remove biomcp from ~/.local/bin

Destek

Dokümantasyon

Alıntı

BioMCP'yi araştırmada kullanıyorsanız, CITATION.cff aracılığıyla alıntılayın. GitHub ayrıca bu dosya mevcut olduğunda havuz kenar çubuğunda Cite this repository ortaya koymaktadır.

Veri Kaynakları ve Lisanslama

BioMCP MIT-lisanslıdır. Veri setlerini satın almak veya yansıtmak yerine upstream sağlayıcılara karşı isteğe bağlı sorgular gerçekleştirir, ancak upstream şartları alınan sonuçların yeniden kullanımını yönetir.

Bazı sağlayıcılar tamamen açık, bazı BioMCP özellikleri kayıt veya API anahtarları gerektirir ve bazı sorgulanabilir kaynaklar hala belirli yeniden kullanım sınırlamalarını zorlayır. İki en büyük uyarı KEGG (akademik ve akademik olmayan kullanımı ayırır) ve COSMIC'tir (BioMCP, lisanslama modeli doğrudan açık integrasyon ile uyumsuz olduğundan dolaylı tutar).

Per-kaynak ayrışması için Kaynak Lisanslama ve Şartları ve kurulum adımları ile kayıt bağlantıları için API Anahtarları kullanın.

Lisans

MIT

Benzer MCP sunucuları

the-momentum/apple-health-mcp-server Biology Medicine and Bioinformatics

Apple Health'ten dışa aktarılan verilere erişim sağlayan bir MCP sunucusu. Veri analitikleri dahildir.

the-momentum/apple-health-mcp-server ★ 217
wso2/fhir-mcp-server Biology Medicine and Bioinformatics

FHIR API'leri için Model Context Protocol sunucusu. FHIR sunucularıyla sorunsuz entegrasyon sağlayarak, AI asistanlarının SMART-on-FHIR kimlik doğrulaması desteğiyle klinik sağlık verilerini arama, alma, oluşturma, güncelleme ve analiz etmelerini sağlar.

wso2/fhir-mcp-server ★ 124
Daha fazla: Biology Medicine and Bioinformatics →